Το «Σχολείον Ψαλτικής» προσπαθώντας να καλύψει όσο το δυνατόν καλύτερα τις ανάγκες και απαιτήσεις των ενδιαφερομένων δημιούργησε δύο Κατευθύνσεις Σπουδών όσον αφορά στην εκκλησιαστική μουσική.
Η Α΄ Κατεύθυνση απευθύνεται σε ανθρώπους που δεν έχουν το χρόνο ή τη δυνατότητα να ακολουθήσουν ένα αυστηρό και απαιτητικό Πρόγραμμα Σπουδών.
Οι σπουδαστές της κατεύθυνσης αυτής μαθαίνουν να χειρίζονται με πρακτικό τρόπο τους οκτώ ήχους, αποκτώντας παράλληλα γνώσεις σημειογραφίας απαραίτητες για την απόδοση μελών που είναι δύσκολο να απομνημονευτούν. Ακολουθώντας την κατεύθυνση αυτή έχουν τη δυνατότητα να διακονήσουν με συνέπεια και υπευθυνότητα στα αναλόγια των ενοριών είτε ως βοηθοί ιεροψάλτες, είτε αναλαμβάνοντας δικό τους ψαλτήρι.
Το πρόγραμμα σπουδών περιλαμβάνει ένα σύνολο μαθημάτων κατανεμημένο σε πέντε έως επτά έτη σπουδών καθώς και μία σειρά πρακτικών (επί αναλογίου) μαθημάτων, στα οποία και εξετάζονται για να πάρουν την αντίστοιχη πιστοποίηση. Διδάσκονται επίσης βασικά στοιχεία Τυπικού και Ιστορίας της εκκλησιαστικής μουσικής. Για την επιτυχή ολοκλήρωση ενός μαθήματος οι σπουδαστές εξετάζονται γραπτά ή προφορικά, ενώ συμμετέχουν υποχρεωτικά και στη Χορωδία των Μαθητών του Σχολείου.
Η Β΄ Κατεύθυνση αφορά σε ένα πιο πλήρες αλλά και απαιτητικό πρόγραμμα σπουδών. Οι σπουδαστές μέσα από ένα ευρύ φάσμα θεωρητικών και πρακτικών μαθημάτων προετοιμάζονται για να αναλάβουν αναλόγιο υψηλών απαιτήσεων και να ασχοληθούν και οι ίδιοι με τη διδασκαλία της εκκλησιαστικής μουσικής.
Το πρόγραμμα σπουδών περιλαμβάνει ένα διευρυμένο σύνολο μαθημάτων κατανεμημένο σε έξι έως οκτώ έτη σπουδών, καθώς και μία σειρά πρακτικών (επί αναλογίου) μαθημάτων στα οποία και εξετάζονται για να πάρουν την αντίστοιχη πιστοποίηση. Διδάσκονται επίσης Ιστορία της εκκλησιαστικής μουσικής ενώ εισάγονται στα μαθήματα της Μελοποιίας, της Παλαιογραφίας, της Θεωρίας των Δρόμων της Ανατολικής Μουσικής και της Θεωρίας της Δυτικής Μουσικής. Τα ανωτέρω θεωρητικά μαθήματα είναι υποχρεωτικά για την απόκτηση επίσημου τίτλου σπουδών. Για την επιτυχή ολοκλήρωση ενός μαθήματος οι σπουδαστές εξετάζονται γραπτά ή προφορικά, ενώ συμμετέχουν υποχρεωτικά και στη Χορωδία των Μαθητών του Σχολείου. Με την επιτυχή ολοκλήρωση όλων των ανωτέρω αποκτούν δικαίωμα να δώσουν εξετάσεις για το Πτυχίο Βυζαντινής Μουσικής, ενώ σε κάποιες περιπτώσεις μπορούν να συνεχίσουν τις σπουδές τους και για το Δίπλωμα Βυζαντινής Μουσικής, τίτλοι που είναι αναγνωρισμένοι από το ελληνικό κράτος.