Το «Σχολείον Ψαλτικής» έχοντας ως στόχο του την πολύπλευρη και υψηλή κατάρτιση των σπουδαστών του έχει εισάγει στο Πρόγραμμα Σπουδών του πολλά θεωρητικά μαθήματα. Τα τμήματα αυτά είναι ανοιχτά για κάθε ενδιαφερόμενο (ακόμα και να μην είναι σπουδαστής του Σχολείου μας). Η διάρκεια φοίτησης σε αυτά συνήθως είναι δύο έτη.
Συγκεκριμένα προσφέρονται τα ακόλουθα μαθήματα:
- Μουσική Γραφή και Ανάγνωση (Θεωρία Δυτικής Μουσικής)
- Θεωρία Ανατολικής Μουσικής (maqam)
- Θεωρία Βυζαντινής Μουσικής
- Ρυθμολογία