Τα μαθήματα μουσικής στο Σχολείον Ψαλτικής δεν περιορίζονται στη στενή έννοια του εβδομαδιαίου ατομικού ή ομαδικού μαθήματος. Δίνεται η δυνατότητα και ευκαιρία στους σπουδαστές να συνυπάρξουν μουσικά με άλλους μουσικούς -λιγότερο ή περισσότερο προχωρημένους- να εκφραστούν μουσικά και να απολαύσουν τη χαρά της μουσικής πράξης και δημιουργίας μέσα από τις διάφορες χορωδίες και ορχήστρες. Με γνώμονα τις εκπαιδευτικές του ανάγκες και δυνατότητες, κάθε σπουδαστής εντάσσεται σε κάποια από τις ομάδες αυτές. Εκεί καλλιεργείται ειδικό ρεπερτόριο που έχει ως στόχο τη μεγαλύτερη εμβάθυνση αλλά και την εξάσκηση της ικανότητας συνεργασίας με άλλους μουσικούς, στοιχεία πολύ σημαντικά για τη μουσική καλλιέργειά του.
Ανεξάρτητα από τις μαθητικές χορωδίες και ορχήστρες λειτουργούν οι χορωδίες «Ἐν ψαλτηρίῳ» (Αθήνα) και η χορωδία του Σχολείου Ψαλτικής Μόσχας οι οποίες στελεχώνονται από δασκάλους και απόφοιτους του Σχολείου Ψαλτικής και καλύπτουν πλήθος μουσικών εκδηλώσεων.